En septembre 1942, Bong rejoint le 49th Fighter Group en Australie, puis en novembre il est en Nouvelle-Guinée avec le 35th Fighter Group. C'est à cette époque qu'il remporte sa première victoire. En février 1944, avec son ami Tom Lynch, il détruit un avion japonais au sol avec à son bord des officiers d'état major nippons ( un avion détruit au sol n'est pas considéré comme une victoire aérienne.
Après sa 28ème victoire, Bong, à sa demande, est affecté à Fosted Field (Texas) pour s'initier aux nouvelles méthodes de tir puis revient au 49th aux Philippines en septembre 1944.
En 1944, a lieu une sorte de "duel fraternel" à distance avec Thomas McGuire, autre as, pilote de P-38 dans la 5th Air Force. Le 7 décembre 1944 Bong obtient sa 40ème victoire : il a bouclé son second tour d'opération et il reçoit la médaille d'honneur du congrès des mains du général MacArthur.
Retour aux Etats-Unis
Fin décembre 1944, Bong est affecté à Wright Field (Ohio) comme pilote d'essai.
En juin 1945, il rejoint Burbank (Californie) où il contrôle et teste les nouveaux avions Lockheed.
Le 6 août 1945(le même jour que la bombe d'Hiroshima), Bong est tué dans l'accident de son P-80 Shooting Star, l'un des premiers avions à réaction américain.