Quand l' AVG de Claire Chesnault fut dissous, l'as revint à son corps d'origine, où il dut accumuler les demandes avant de pouvoir piloter à nouveau. Il dut tout d'abord servir, en attendant dêtre autorisé à voler, à bord d'un bâtiment de guerre expédié vers les îles Salomon en janvier 1943. Assurant les fonctions d'officier d'opérations, Boyington ne vivait que pour reprendre sa place en première ligne. Ne se décourageant jamais, il réussit, après de nombreuses demandes, à obtenir une mutation dans une unité opérationnelle. Affecté au Squadron VMF-222, qui était engagé dans le secteur de Guadalcanal, il en fut dans un premier temps l'officier en second, et en assuma le commandement quand il passa au grade supérieur.
En dépit des nombreuses sorties qu'il effectua à bord des Wilcat, l'aviateur ne put abattre aucun avion ennemi. Ayant quitté la VMF-- 222, rapatrié en Australie, Boyington eut l'idée de constituer avec des pilotes sans affectation ou en disponibilité, une nouvelle formation. Ses supérieurs lui donnèrent leur accord, mais refusèrent l'appellation de "Bâtards de Boyington" qu'il voulait attribuer au Squadron qui lui avait été confié, le VMF-214. Faute de mieux, Boyington se contenta de "The Black Sheep".
Le premier combat auquel prit part le VMF-214 fut des plus difficiles, puisqu'il opposa une vingtaine de Corsair à trente Zero au- dessus de Ballale. A lui seul, Boyington descendit cinq appareils ennemis. Dès lors, les victoires de celui que ses hommes appelaient "Pappy" ne se comptèrent plus et se succédèrent à une cadence de plus en plus rapide. Au cours d'un engagement qui se déroula le 17 octobre 1943 au-dessus de Kahili, les vingt-six Corsair de Boyington parvinrent à abattre vingt Zero.
Ayant remporter plus d'une centaine de victoires homologuées - dont vingt pour Boyington -, le VMF-214 revint à sa base d'Espiritu Santo, où il devait goûter un repos bien mérité. Repartis au combat, un mois plus tard, Boyington et ses pilotes poursuivent leurs raids et leurs missions d'escorte de bombardiers, en particulier de B-24 Liberator. Au cours d'une sortie, le 25 décembre 1943, l'as surprit plusieurs Zero au-dessus de Rabaul et en expédia deux en mer. Deux jours plus tard, sur Rabaul, il remporta sa vingt-cinquième victoires, mais dut revenir d'urgence à sa base en raison d'ennuis mécaniques. En cette fin d'année 1943 la chance sembla l'abandonner. Au cours de la journée du 3 janvier 1944, lors d'une rencontre avec 12 Zero, Boyington descendit tout d'abord un chasseur ennemi, puis pris en chasse fut abattu. Boyington parvint à s'extraire de son habitacle et à se parachuter. L'as récupérait à peine que les appareils adverses se mirent à le mitrailler, le laissant pour mort.